Các vướng mắc về đồng bộ dữ liệu thuế, thủ tục hành chính và quy hoạch, đất đai đang làm tăng chi phí, ảnh hưởng đến hoạt động của doanh nghiệp. Tại hội nghị đối thoại với chính quyền thành phố, cơ quan quản lý đã ghi nhận nhiều kiến nghị và trao đổi về hướng tháo gỡ.

Sáng 9/10, Hội nghị đối thoại doanh nghiệp – chính quyền TPHCM lần thứ 280, với chuyên đề tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp trong khu công nghệ cao, khu chế xuất và khu công nghiệp, diễn ra với sự phối hợp của Trung tâm Xúc tiến Thương mại và Đầu tư TPHCM (ITPC), Ban Quản lý các Khu chế xuất và công nghiệp TPHCM (HEPZA) và Ban Quản lý Khu Công nghệ cao TPHCM (SHTP).

Vướng mắc về hệ thống thuế và chi phí dịch vụ

Tại hội nghị, nhiều doanh nghiệp phản ánh tình trạng dữ liệu thuế chưa đồng bộ. Dù đã có quyết định miễn, giảm 50% thuế sử dụng đất phi nông nghiệp, hệ thống vẫn ghi nhận nợ thuế và tính tiền chậm nộp. Đại diện cơ quan thuế cho biết nguyên nhân xuất phát từ quá trình chuyển giao dữ liệu từ cấp thuế cơ sở lên cấp thành phố; đồng thời cam kết rà soát, xóa các khoản nợ ghi nhận không đúng và ban hành quyết định miễn, giảm thuế năm 2026 trước ngày 21/11/2026.

Một vấn đề khác được nêu tại hội nghị là việc các doanh nghiệp chế xuất có hoạt động xuất khẩu 100% vẫn bị ngân hàng thương mại thu thuế giá trị gia tăng (VAT) trên phí dịch vụ. Theo phản ánh của doanh nghiệp, pháp luật quy định thuế suất 0% đối với dịch vụ phục vụ trực tiếp hoạt động sản xuất xuất khẩu trong khu phi thuế quan, nhưng các ngân hàng vẫn thu thuế do lo ngại rủi ro khi kiểm tra chứng từ.

Ghi nhận phản ánh này, ông Lê Anh Hoàng, Phó Giám đốc ITPC, cho biết cơ quan sẽ tham mưu UBND TPHCM tổ chức làm việc giữa cơ quan thuế và Ngân hàng Nhà nước để thống nhất cách xử lý, tháo gỡ vướng mắc về chi phí dịch vụ cho doanh nghiệp.

Ngoài ra, doanh nghiệp cũng phản ánh việc hoàn thuế VAT đối với chi phí thuê lại lao động thuộc nhóm ngành nghề ngoài danh mục 20 ngành nghề được quy định đang gặp khó khăn. Theo phản ánh, vấn đề này ảnh hưởng đến khả năng linh hoạt bố trí nhân sự của các đơn vị sản xuất, nhất là trong giai đoạn cao điểm đơn hàng.

Vướng mắc trong thủ tục hành chính và chứng nhận sản phẩm

Trong quá trình thực hiện thủ tục hành chính, tình trạng “nửa online, nửa offline” tiếp tục gây mất thời gian và phát sinh chi phí cho doanh nghiệp. Một số doanh nghiệp đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp dưới dạng điện tử, có chữ ký số, nhưng khi thực hiện thủ tục tiếp theo vẫn được yêu cầu nộp bản giấy hoặc trích lục hồ sơ.

Đại diện Sở Tài chính cho biết đã có công văn chỉ đạo các đơn vị hành chính công nhận bản điện tử có giá trị pháp lý tương đương bản giấy, đồng thời sẽ tiếp tục phổ biến quy định này.

Đối với nhóm doanh nghiệp công nghệ, một rào cản được phản ánh là chi phí và thời gian xin giấy chứng nhận cho sản phẩm. Theo doanh nghiệp, chi phí có thể lên tới 60 triệu đồng và thời gian chờ khoảng 3 tháng cho một sản phẩm, ảnh hưởng đến khả năng cạnh tranh của hàng hóa.

Trao đổi tại hội nghị, ông Nguyễn Việt Long, Phó Trưởng ban SHTP, cho biết xu hướng quản lý đang chuyển dần từ tiền kiểm sang hậu kiểm. Ban Quản lý sẽ tiếp tục làm việc với Sở Khoa học và Công nghệ để nghiên cứu quy trình phù hợp hơn, nhằm giảm chi phí và thời gian cho doanh nghiệp.

Quy hoạch mở rộng và chính sách đất đai

Liên quan đến trình tự giải quyết thủ tục, một số doanh nghiệp đề xuất được xử lý song song hồ sơ điều chỉnh chủ trương đầu tư và hồ sơ thẩm định giao đất. Tuy nhiên, theo trao đổi tại hội nghị, quy định của Luật Đất đai năm 2024 không cho phép tiếp nhận thủ tục giao đất khi chưa có chấp thuận chủ trương đầu tư trong trường hợp pháp luật yêu cầu phải có văn bản này.

Về đề xuất chuyển hình thức thuê đất từ trả tiền một lần sang trả tiền hằng năm, ông Trần Việt Hà, Phó Trưởng ban HEPZA, cho biết theo quy định, nếu công ty hạ tầng khu công nghiệp thuê đất của Nhà nước trả tiền hằng năm thì chỉ được cho doanh nghiệp thuê lại đất theo hình thức tương ứng. Tuy nhiên, quyền thế chấp và chuyển nhượng tài sản gắn liền với đất thuê trả tiền hằng năm vẫn được pháp luật hiện hành bảo đảm.

Về định hướng quy hoạch, ông Nguyễn Việt Long cho biết Khu Công nghệ cao TPHCM dự kiến được mở rộng thêm gần 200 ha để phát triển nghiên cứu khoa học, tập trung vào nghiên cứu ứng dụng (R&D) và sản xuất thử nghiệm công nghệ chiến lược. Đề án quy hoạch dự kiến được trình UBND TPHCM phê duyệt trong thời gian tới.

Đối với các khu chế xuất có thời hạn hoạt động đến năm 2041, đại diện SHTP cho biết quá trình xây dựng đề án chuyển đổi công năng sẽ tuân thủ nguyên tắc tôn trọng quyền và lợi ích hợp pháp đã được ghi nhận trong giấy chứng nhận đầu tư của doanh nghiệp.

P.Mai