Ngoại lệ của WTO được hiểu là trong một số trường hợp cho phép các nước thành viên được làm khác đi so với các nguyên tắc cơ bản của WTO nhưng phải đảm bảo phù hợp với quy định của Tổ chức thương mại thế giới nhằm bảo đảm chủ quyền, an ninh, đạo đức, sức khoẻ của con nguời, bảo vệ các nguồn tài nguyên thiên nhiên quý hiếm, bảo đảm cán cân thanh toán.
Ngoại lệ của WTO được hiểu là trong một số trường hợp cho phép các nước thành viên được làm khác đi so với các nguyên tắc cơ bản của WTO nhưng phải đảm bảo phù hợp với quy định của Tổ chức thương mại thế giới nhằm bảo đảm chủ quyền, an ninh, đạo đức, sức khoẻ của con nguời, bảo vệ các nguồn tài nguyên thiên nhiên quý hiếm, bảo đảm cán cân thanh toán. Ngoại lệ đã được đặt ra trong quá trình đàm phán và xây dựng các văn kiện của Tổ chức Thương mại Thế giới, đặc biệt được chú trọng trong các lĩnh vực thương mại quốc tế và quy định tại các văn kiện của WTO trong 3 lĩnh vực thương mại hàng hóa, thương mại dịch vụ và sở hữu trí tuệ. Ngoài ra, còn có các ngoại lệ giành riêng cho các nước đang phát triển.
Hiệp định chung về thuế quan và thương mại (GATT 1994)
Hiệp định chung về thuế quan và thương mại 1994 dành một số ngoại lệ cho các Thành viên để đáp ứng yêu cầu về đảm bảo an ninh, lợi ích quốc phòng, bảo vệ các giá trị văn hoá, tinh thần của dân tộc, truyền thống lịch sử, bảo vệ sức khoẻ con người, động vật, thực vật và môi trường, di sản quốc gia, tài nguyên quý hiếm, ngăn chặn gian lận thương mại, bảo đảm an ninh tài chính, tiền tệ quốc gia, liên quan đến các sản phẩm lao động của tù nhân, chính sách độc quyền, bảo hộ bản quyền, nhãn hiệu thương mại, duy trì hoà bình và an ninh thế giới, tình hình tài chính đối ngoại và cán cân thanh toán, mua sắm nhằm mục đích cho tiêu dùng của Chính phủ và chi trả các khoản trợ cấp. Đây là những vấn đề cực kỳ quan trọng, ảnh hưởng đến an ninh và sự phát triển kinh tế của mỗi nước. Các quy định của WTO là bắt buộc nhưng cũng có những ngoại lệ riêng, theo đó các Thành viên có thể áp dụng các biện pháp trái với quy tắc đối xử tối huệ quốc và đối xử quốc gia trong phạm vi cho phép khi thực thi nghĩa vụ của mình.
Điều XX quy định việc áp dụng các ngoại lệ chung không được tạo ra sự phân biệt đối xử phi lý giữa các nước có điều kiện như nhau hay hạn chế, ngăn cản thương mại quốc tế. Áp dụng các ngoài lệ trái với quy tắc không phân biệt đối xử trong trường hợp cần thiết: bảo vệ đạo đức công cộng; bảo vệ cuộc sống và sức khoẻ con người, động vật hay thực vật; liên quan đến việc xuất hoặc nhập khẩu vàng và bạc; liên quan đến các sản phẩm sử dụng lao động của tù nhân; bảo đảm sự tôn trọng pháp luật và các quy tắc không trái với các quy định về áp dụng các biện pháp hải quan, duy trì hiệu lực của chính sách độc quyền, bảo hộ bản quyền, nhãn hiệu thương mại, quyền tác giả và các biện pháp ngăn ngừa gian lận thương mại; di sản quốc gia; gìn giữ nguồn tài nguyên có thể bị cạn kiệt.
Điều XXI quy định về việc các bên không có nghĩa vụ phải cung cấp những thông tin ảnh hưởng đến an ninh quốc gia; quyền áp dụng các biện pháp để bảo vệ các quyền lợi thiết yếu tới an ninh của mình; có những biện pháp thực thi các cam kết nhân danh Hiến chương Liên hiệp Quốc nhằm duy trì hoà bình và an ninh quốc tế.
Điều XII - Hạn chế để bảo vệ cán cân thanh toán: để bảo vệ tình hình tài chính đối ngoại và cán cân thanh toán, có thể hạn chế số lượng hay giá trị hàng hoá cho phép nhập khẩu với điều kiện các hạn chế nhập khẩu không vượt quá mức cần thiết để ngăn ngừa mối đe doạ hay ngăn chặn sư suy giảm nghiêm trọng dự trữ ngoại hối hay để nâng dự trữ ngoại hối lên một mức hợp lý. Các bên khi áp dụng quy định này cam kết tránh gây tổn hại không cần thiết cho quyền lợi thương mại, kinh tế và không áp dụng các hạn chế nhằm ngăn ngừa bất hợp lý việc nhập khẩu bất kỳ sản phẩm nào có số lượng thương mại tối thiểu dẫn đến làm đảo lộn các kênh thương mại bình thường.
Khoản 8 Điều 3: Đãi ngộ quốc gia trong thương mại hàng hoá không áp dụng đối với trường hợp các cơ quan Chính phủ mua sắm nhằm mục đích cho tiêu dung của Chính phủ và chi trả các khoản trợ cấp chỉ dành cho các nhà sản xuất nội địa hay hạn chế số lượng nội địa liên quan đến số lượng phim trình chiếu.
Pháp luật hiện hành của Việt Nam đã nội luật hóa những ngoại lệ này và về cơ bản là phù hợp với GATT, cụ thể là tại Pháp lệnh đối xử tối huệ quốc và đối xử quốc gia trong thương mại hàng hoá đã quy định rằng, để bảo đảm lợi ích quốc phòng, an ninh quốc gia, bảo vệ các giá trị văn hoá, tinh thần của dân tộc thì không áp dụng đối xử tối huệ quốc và đối xử quốc gia, không áp dụng nguyên tắc này với cả những nước tiến hành hoặc tham gia tiến hành các hoạt động chống lại độc lập, chủ quyền, thống nhất và toàn vẹn lãnh thổ của nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam. Ngoài ra, Luật doanh nghiệp và Luật An ninh quốc gia cũngcấm các hoạt động kinh doanh gây phương hại đến quốc phòng, an ninh, trật tự, an toàn xã hội, truyền thống lịch sử, văn hoá, đạo đức, thuần phong mỹ tục, quy định các biện pháp cần thiết bảo vệ an ninh quốc gia v..v, những quy định này là hoàn toàn phù hợp, vừa bảo vệ được quyền lợi thiết thực của quốc gia vừa đảm bảo đảm thực thi các cam kết.
Đối với ngoại lệ liên quan đến việc xuất nhập khẩu vàng và bạc được quy định tại Pháp lệnh về ngoại theo đó Chính phủ có thẩm quyền trong việc hạn chế mua, mang, chuyển, thanh toán đối với các giao dịch trên tài khoản vãng lai, tài khoản vốn để bảo đảm an ninh tài chính, tiền tệ quốc gia. Việc quản lý hoạt động xuất nhập khẩu vàng và bạc được quy định tại Điều 31: Ngân hàng Nhà nước Việt Nam quản lý hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu vàng dưới dạng khối, thỏi, hạt, miếng của tổ chức tín dụng và các tổ chức được phép kinh doanh vàng.
Đối với các ngoại lệ để duy trì hiệu lực của chính sách độc quyền, bảo hộ bản quyền, nhãn hiệu thương mại, quyền tác giả và các biện pháp ngăn ngừa gian lận thương mại thì Việt Nam đã có một loạt văn bản quan trọng điều chỉnh các vấn đề này. Ví dụ, theo quy định của Luật Hải quan thì có thể kiểm tra thực tế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong khi vắng mặt người khai hải quan, hay theo Điều 4 Luật Thương mại thì Nhà nước thực hiện độc quyền Nhà nước có thời hạn về hoạt động thương mại đối với một số hàng hóa, dịch vụ hoặc tại một số địa bàn hay Điều 31 và 77 Luật Thương mại cũng có quy định về việc áp dụng các biện phápkhẩn cấp đối với hoạt động mua bán hàng hóa quốc tế hay áp dụng biện pháp khẩn cấp đối với hoạt động cung ứng hoặc sử dụng dịch vụ; theo Luật Sở hữu trí tuệ thì Nhà nước chỉ bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ trong một số trường hợp... Nhìn chung, những quy định này là khá phù hợp với GATT.