Rà soát hồ sơ và xử lý sai sót về thuế trong kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử

Trong kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử, sai lệch dữ liệu có thể xuất phát từ nhiều nguyên nhân. Đơn hàng được hoàn trả sau khi kết thúc kỳ khai thuế, tiền từ sàn chuyển về chậm, giao dịch phát sinh ngoài sàn chưa được ghi nhận đầy đủ hoặc tài khoản bán hàng đăng ký bằng thông tin của người thân đều có thể khiến số liệu giữa các hệ thống không thống nhất.

Điều quan trọng không chỉ là xác định có sai lệch hay không, mà còn là thời điểm phát hiện và cách thức xử lý. Nếu người nộp thuế chủ động rà soát khi chuẩn bị hồ sơ khai thuế, họ có điều kiện kiểm tra dữ liệu gốc, xác định nguyên nhân và lựa chọn phương án khắc phục phù hợp. Ngược lại, nếu chênh lệch chỉ được phát hiện khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình, việc thu thập chứng từ và làm rõ giao dịch có thể phức tạp hơn, nhất là khi dữ liệu đã bị thay đổi hoặc không còn đầy đủ.

Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, có hiệu lực từ ngày 01/7/2026 theo nội dung tham luận, đặt nền tảng quản lý thuế gắn với dữ liệu, đồng thời yêu cầu người nộp thuế tự xác định nghĩa vụ và chịu trách nhiệm về tính chính xác của hồ sơ. Trong môi trường kinh doanh số, dữ liệu hóa đơn điện tử, thông tin khấu trừ thuế của nền tảng và dữ liệu giao dịch được lưu giữ tại nhiều hệ thống khác nhau. Người nộp thuế không phải lúc nào cũng kiểm soát toàn bộ dữ liệu này, nhưng vẫn cần có cơ chế đối chiếu để bảo đảm hồ sơ của mình phản ánh đúng hoạt động kinh doanh.

Vì vậy, rà soát hồ sơ trước khi phát sinh yêu cầu giải trình không nên được xem là công việc bổ sung chỉ thực hiện khi có vấn đề. Đây cần trở thành một khâu thường xuyên trong quy trình quản lý tài chính, kế toán và thực hiện nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp, hộ kinh doanh.

Chủ động rà soát tại những thời điểm quan trọng

Việc kiểm tra hồ sơ có thể được thực hiện liên tục, nhưng cần tập trung vào một số thời điểm dễ phát sinh sai lệch.

Trước hết là trước mỗi kỳ khai thuế. Đây là thời điểm dữ liệu bán hàng, hóa đơn, chứng từ thanh toán và các khoản thuế đã được khấu trừ cần được tổng hợp để xác định nghĩa vụ thuế. Nếu phát hiện chênh lệch ở giai đoạn này, người nộp thuế có thể kiểm tra lại giao dịch và xử lý trước khi số liệu được sử dụng để lập hồ sơ khai thuế.

Thời điểm tiếp theo là khi doanh thu tiến gần ngưỡng phải thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định. Theo Nghị định số 68/2026/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 141/2026/NĐ-CP ngày 29/4/2026, ngưỡng doanh thu của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh được nêu trong tham luận là 01 tỷ đồng/năm. Theo hướng dẫn được đề cập, hộ kinh doanh có doanh thu lũy kế vượt ngưỡng phải thực hiện khai thuế theo quý kể từ quý phát sinh doanh thu vượt ngưỡng.

Đối với người bán hàng đa kênh, việc theo dõi doanh thu riêng từng sàn hoặc từng tài khoản có thể dẫn đến đánh giá không chính xác về tổng doanh thu của chủ thể kinh doanh. Doanh thu từ sàn thương mại điện tử, mạng xã hội, website và các giao dịch trực tiếp cần được tổng hợp theo đúng chủ thể, thay vì xem mỗi kênh là một hoạt động độc lập để xác định ngưỡng.

Việc rà soát cũng cần được thực hiện khi có thay đổi về tổ chức hoặc phương thức kinh doanh, chẳng hạn mở thêm kênh bán hàng, chuyển sang sàn khác, thay đổi tài khoản nhận tiền, chuyển đổi từ hộ kinh doanh sang doanh nghiệp hoặc thay đổi người phụ trách kế toán. Những thay đổi này có thể làm gián đoạn quá trình chuyển giao dữ liệu, khiến giao dịch bị bỏ sót, ghi nhận trùng hoặc xác định không đúng chủ thể kê khai.

Đối với hộ kinh doanh có doanh thu không vượt ngưỡng theo quy định được nêu trong tham luận, thời điểm cuối năm cũng cần được chú trọng. Việc tổng hợp doanh thu thực tế và đối chiếu với sổ sách trước khi thực hiện thông báo với cơ quan thuế, chậm nhất ngày 31/01 năm sau theo nội dung tham luận, giúp hạn chế chênh lệch giữa số liệu theo dõi trong năm và số liệu báo cáo.

Bốn nhóm sai lệch thường gặp khi rà soát hồ sơ thuế

Để xử lý đúng nguyên nhân, doanh nghiệp và hộ kinh doanh cần phân loại sai lệch trước khi quyết định hướng khắc phục. Có thể chia thành bốn nhóm chính: sai lệch về thời điểm, chủ thể, chứng từ và số liệu kê khai.

Sai lệch về thời điểm xảy ra khi cùng một đơn hàng được ghi nhận ở các kỳ khác nhau giữa dữ liệu của sàn, sổ sách kế toán và hóa đơn. Chẳng hạn, ngày giao hàng, ngày xác nhận giao dịch thành công, ngày lập hóa đơn và ngày tiền được chuyển về không trùng nhau. Để xác định nguyên nhân, người nộp thuế cần đối chiếu từng mốc thời gian theo mã đơn hàng, thống nhất căn cứ ghi nhận phù hợp với quy định áp dụng và điều chỉnh bảng đối chiếu. Nếu chênh lệch làm thay đổi số liệu đã kê khai, cần xem xét việc điều chỉnh hồ sơ của kỳ liên quan.

Sai lệch về chủ thể thường xuất hiện khi tài khoản sàn, hóa đơn hoặc tài khoản nhận tiền đứng tên một người khác với chủ thể thực tế thực hiện hoạt động kinh doanh hoặc chủ thể kê khai thuế. Tình huống này có thể xảy ra khi người kinh doanh sử dụng tài khoản của người thân, tài khoản cá nhân của người quản lý hoặc tiếp tục sử dụng thông tin cũ sau khi chuyển đổi mô hình kinh doanh. Việc rà soát cần đối chiếu thông tin định danh trên tài khoản, hợp đồng, hóa đơn và sao kê ngân hàng để làm rõ chủ thể thực tế. Sau đó, người nộp thuế cần chuẩn hóa thông tin và xác định hướng xử lý phù hợp; nếu nghĩa vụ pháp lý chưa rõ, nên tham vấn cơ quan thuế hoặc đơn vị tư vấn có chuyên môn.

Sai lệch về chứng từ xảy ra khi doanh thu hoặc chi phí đã phát sinh nhưng thiếu hóa đơn, chứng từ; chứng từ bị trùng lặp hoặc thông tin trên chứng từ không chính xác. Để xử lý, doanh nghiệp cần rà soát theo danh mục hồ sơ của từng giao dịch, xác định tài liệu còn thiếu và thực hiện bổ sung, điều chỉnh hoặc thay thế theo đúng quy định. Nguyên nhân và quá trình khắc phục cần được ghi nhận rõ ràng để có cơ sở giải trình khi cần thiết.

Sai lệch về kê khai xuất hiện khi số liệu trên tờ khai khác với số liệu đã được đối soát từ các nguồn dữ liệu. Người nộp thuế cần so sánh tờ khai với bảng tổng hợp doanh thu theo kỳ và theo kênh, xác định phần chênh lệch, kỳ chịu ảnh hưởng và tác động đến số thuế phải nộp. Trên cơ sở đó, mới lựa chọn phương án xử lý theo quy định của pháp luật quản lý thuế.

Việc phân loại giúp tránh áp dụng một cách xử lý cho mọi trường hợp. Chẳng hạn, chênh lệch thời điểm giữa hai tháng trong cùng một quý có thể không làm thay đổi tổng số liệu của quý, tùy cách xác định kỳ ghi nhận và quy định áp dụng. Trong khi đó, sai lệch về chủ thể có thể ảnh hưởng đến việc xác định doanh thu của người nộp thuế, nghĩa vụ kê khai hoặc việc xác định ngưỡng doanh thu. Vì vậy, sau khi xác định nguyên nhân, cần đánh giá riêng tác động của sai lệch đối với nghĩa vụ thuế.

Khai bổ sung và các công cụ pháp lý để khắc phục sai sót

Pháp luật quản lý thuế quy định các cơ chế để người nộp thuế xử lý sai sót trong hồ sơ khai thuế, đồng thời đặt ra trách nhiệm cung cấp thông tin, sổ sách và chứng từ khi cơ quan thuế yêu cầu.

Theo nội dung tham luận, Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 quy định việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 05 năm đối với các trường hợp luật định. Cơ quan thuế có thể ấn định thuế khi người nộp thuế khai không đầy đủ, không trung thực hoặc không chính xác, hoặc không xuất trình được sổ sách, hóa đơn, chứng từ cần thiết theo yêu cầu. Tiền chậm nộp được đề cập ở mức 0,03% mỗi ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp. Việc xử phạt vi phạm hành chính về thuế và hóa đơn tiếp tục thực hiện theo Nghị định số 125/2020/NĐ-CP và các văn bản sửa đổi, bổ sung có liên quan, theo thông tin trong tham luận.

Từ các quy định này, có thể thấy hai yêu cầu cần được đặt song song. Một là người nộp thuế cần lưu giữ hồ sơ đầy đủ, bảo đảm có khả năng truy xuất và xuất trình khi cần. Hai là khi phát hiện sai sót, cần đánh giá việc khai bổ sung và các biện pháp khắc phục phù hợp, thay vì để chênh lệch tiếp tục kéo dài qua nhiều kỳ.

Tuy nhiên, không nên áp dụng máy móc một phương án cho mọi trường hợp. Thời hạn, điều kiện khai bổ sung, thời điểm thực hiện, tiền chậm nộp và hậu quả pháp lý phụ thuộc vào tình tiết cụ thể, nội dung sai lệch và quy định có hiệu lực tại thời điểm xử lý. Khi sai sót liên quan đến nhiều kỳ khai thuế hoặc nhiều chủ thể, người nộp thuế cần xác định đầy đủ phạm vi ảnh hưởng trước khi thực hiện điều chỉnh.

Khai bổ sung là công cụ để sửa chữa hồ sơ theo quy định, nhưng không thay thế việc rà soát nguyên nhân gốc. Nếu doanh nghiệp chỉ điều chỉnh số liệu mà không khắc phục cách thu thập, quản lý và đối chiếu dữ liệu, sai sót tương tự có thể tiếp tục phát sinh trong các kỳ tiếp theo.

Rà soát ngưỡng doanh thu qua tình huống thực tế

Một tình huống giả định cho thấy rủi ro có thể phát sinh khi hộ kinh doanh bán hàng trên nhiều kênh nhưng chỉ theo dõi doanh thu riêng lẻ.

Một hộ kinh doanh thực phẩm trực tuyến hoạt động trên hai sàn thương mại điện tử và một trang mạng xã hội. Doanh thu trong quý I là 220 triệu đồng, quý II là 310 triệu đồng và quý III là 540 triệu đồng. Như vậy, doanh thu lũy kế sau quý I đạt 220 triệu đồng, sau quý II đạt 530 triệu đồng và sau quý III đạt 1,07 tỷ đồng. Theo giả định này, doanh thu lũy kế đã vượt ngưỡng 01 tỷ đồng trong quý III.

Nếu hộ kinh doanh chỉ theo dõi số liệu trên từng sàn mà không tổng hợp theo chủ thể, việc nhận diện thời điểm vượt ngưỡng có thể bị chậm trễ. Đến tháng 01 năm sau, khi tổng hợp doanh thu cả năm đạt khoảng 1,49 tỷ đồng, hộ mới phát hiện vấn đề thì việc xác định nghĩa vụ của các kỳ trước đó sẽ phức tạp hơn.

Trong tình huống này, việc xử lý cần bắt đầu bằng việc xác định chính xác thời điểm doanh thu lũy kế vượt ngưỡng, tổng hợp doanh thu từng kênh theo các kỳ liên quan và đối chiếu phần thuế đã được nền tảng khấu trừ. Sau khi làm rõ các dữ kiện, người nộp thuế mới có cơ sở xác định hồ sơ nào cần bổ sung, kỳ nào bị ảnh hưởng và liệu có phát sinh tiền chậm nộp hay không.

Tình huống cũng cho thấy lợi ích của việc thiết lập cơ chế cảnh báo doanh thu. Nếu có bảng theo dõi lũy kế và cảnh báo khi doanh thu đạt khoảng 80% ngưỡng, hộ kinh doanh có thể chủ động kiểm tra dữ liệu, chuẩn bị hồ sơ và xác định nghĩa vụ trước khi vượt ngưỡng. Cách làm này hiệu quả hơn việc chỉ rà soát khi kết thúc năm tài chính hoặc khi có yêu cầu từ cơ quan thuế.

Quy trình sáu bước để rà soát và xử lý sai sót

Để việc rà soát có thể thực hiện thường xuyên và kiểm tra lại được, doanh nghiệp, hộ kinh doanh nên xây dựng quy trình gồm sáu bước.

Bước đầu tiên là lưu giữ dữ liệu gốc. Trước khi sửa hoặc điều chỉnh bất kỳ số liệu nào, cần sao lưu báo cáo bán hàng của sàn, sao kê ngân hàng, hóa đơn, chứng từ và tờ khai của các kỳ liên quan. Đây là cơ sở để xác định trạng thái dữ liệu ban đầu và giải thích vì sao có sự thay đổi sau khi rà soát.

Bước thứ hai là lập bảng chênh lệch theo kỳ và theo kênh bán hàng. Số liệu từ từng nguồn cần được đặt cạnh nhau, kèm mã đơn hàng hoặc số chứng từ để có thể truy xuất giao dịch cụ thể. Việc ghi nhận rõ nguồn dữ liệu giúp tránh nhầm lẫn giữa số liệu do sàn cung cấp, số tiền thực nhận và doanh thu cần tổng hợp để xác định nghĩa vụ thuế.

Bước thứ ba là phân loại từng chênh lệch theo nguyên nhân. Các trường hợp được xếp vào nhóm sai lệch thời điểm, chủ thể, chứng từ hoặc kê khai để lựa chọn cách kiểm tra phù hợp. Không nên điều chỉnh ngay khi chưa xác định được bản chất của chênh lệch.

Bước thứ tư là đánh giá tác động đến nghĩa vụ thuế. Người nộp thuế cần làm rõ chênh lệch làm tăng, giảm hay không làm thay đổi số thuế phải nộp; phát sinh ở kỳ nào; và có ảnh hưởng đến việc xác định ngưỡng doanh thu hay không.

Bước thứ năm là lựa chọn phương án xử lý và xác định người chịu trách nhiệm thực hiện. Tùy từng trường hợp, doanh nghiệp có thể cần bổ sung chứng từ, điều chỉnh thông tin, lập lại bảng đối chiếu hoặc xem xét khai bổ sung hồ sơ theo quy định. Nếu vấn đề vượt quá khả năng tự xác định, cần xin ý kiến chuyên môn trước khi thực hiện.

Bước cuối cùng là lập hồ sơ giải trình nội bộ và xây dựng biện pháp phòng ngừa. Hồ sơ cần ghi lại nguyên nhân, dữ liệu đã đối chiếu, phương án xử lý và kết quả thực hiện. Những sai sót có tính lặp lại cần được chuyển thành nội dung kiểm soát định kỳ, chẳng hạn kiểm tra tài khoản nhận tiền, theo dõi đơn hoàn trả hoặc cảnh báo doanh thu lũy kế.

Trong toàn bộ quy trình, yêu cầu quan trọng nhất là bảo toàn dữ liệu gốc. Nếu người làm hồ sơ sửa ngay những số liệu được cho là sai mà không lưu lại trạng thái ban đầu, doanh nghiệp sẽ khó giải thích chênh lệch và chứng minh quá trình khắc phục. Bảng đối chiếu chỉ có ý nghĩa khi được lập từ dữ liệu có thể kiểm tra và truy xuất.

Hồ sơ giải trình cần rõ ràng, có thể truy xuất

Một bộ hồ sơ giải trình hiệu quả không nhất thiết phải dài, nhưng cần thể hiện được mối liên hệ giữa sai lệch, nguyên nhân và phương án xử lý. Hồ sơ nên được tổ chức theo cấu trúc thống nhất để người phụ trách có thể nhanh chóng cung cấp thông tin khi cần.

Phần đầu là bản thuyết minh ngắn, nêu rõ sai lệch phát sinh ở kỳ nào, liên quan đến kênh bán hàng hoặc giao dịch nào, nguyên nhân được xác định ra sao và đã xử lý đến đâu. Phần tiếp theo là bảng đối chiếu giữa các nguồn dữ liệu, có mã đơn hàng, số hóa đơn hoặc số chứng từ làm căn cứ truy xuất.

Các chứng từ gốc cần được sắp xếp theo thứ tự và đánh số để tham chiếu từ bảng đối chiếu. Tùy trường hợp, hồ sơ có thể gồm báo cáo của sàn, sao kê ngân hàng, hóa đơn điện tử, chứng từ hoàn trả, dữ liệu đơn hàng và tờ khai thuế của kỳ liên quan. Phần cuối nêu phương án xử lý đã lựa chọn cùng biện pháp hạn chế sai sót tái diễn.

Nguyên tắc xuyên suốt là mỗi nội dung được nêu trong bản thuyết minh cần có dữ liệu đối chiếu và chứng từ hỗ trợ tương ứng. Khi hồ sơ được tổ chức theo cách này, việc giải trình không phụ thuộc hoàn toàn vào trí nhớ của người phụ trách hoặc việc tìm kiếm rời rạc trên nhiều hệ thống.

Phân biệt sai sót nghiệp vụ với hành vi cố ý vi phạm

Tâm lý lo ngại bị truy thu hoặc xử phạt có thể khiến một số người kinh doanh trì hoãn việc rà soát hồ sơ. Khi sai sót không được xử lý kịp thời, những chênh lệch nhỏ có thể kéo dài qua nhiều kỳ, làm tăng khối lượng công việc và gây khó khăn khi xác định nguyên nhân.

Cần phân biệt giữa sai sót nghiệp vụ như ghi nhận không đúng kỳ, thiếu chứng từ hoặc nhầm lẫn trong quá trình áp dụng quy định với hành vi cố ý khai sai, che giấu doanh thu hoặc làm giả chứng từ. Việc xác định trách nhiệm pháp lý phải căn cứ vào hành vi cụ thể, chứng cứ và các dấu hiệu theo quy định pháp luật; không thể mặc nhiên coi mọi sai sót trong hồ sơ thuế là hành vi cố ý hoặc là căn cứ tự động dẫn đến xử lý hình sự.

Sự phân biệt này không nhằm giảm nhẹ trách nhiệm của người nộp thuế, mà để xác định đúng bản chất vụ việc và hướng xử lý phù hợp. Khi phát hiện sai sót nghiệp vụ, người nộp thuế nên chủ động kiểm tra, bảo toàn dữ liệu và khắc phục theo quy định. Đối với hành vi cố ý vi phạm, việc lập lại hồ sơ hoặc điều chỉnh số liệu không làm mất đi trách nhiệm pháp lý nếu hành vi đã đáp ứng các dấu hiệu vi phạm theo luật định.

Đặc biệt, trong quá trình rà soát, doanh nghiệp không nên xóa, sửa hoặc dựng lại dữ liệu gốc chỉ nhằm làm cho các nguồn số liệu khớp nhau. Cách làm này có thể khiến việc xác minh nguyên nhân trở nên khó khăn và làm phát sinh rủi ro nghiêm trọng hơn so với sai sót ban đầu.

Người nộp thuế giữ vai trò chủ động, đơn vị tư vấn hỗ trợ xử lý

Dù sử dụng dịch vụ kế toán hoặc tư vấn thuế, người nộp thuế vẫn cần chủ động quản lý dữ liệu và chịu trách nhiệm đối với hồ sơ của mình theo quy định. Đơn vị tư vấn có thể hỗ trợ rà soát, phân loại chênh lệch, đề xuất phương án xử lý và chuẩn bị hồ sơ giải trình, nhưng hiệu quả công việc phụ thuộc đáng kể vào tính đầy đủ, chính xác của dữ liệu do doanh nghiệp cung cấp.

Vì vậy, phạm vi dịch vụ tư vấn nên được xác định rõ, gồm các kỳ cần rà soát, nguồn dữ liệu được sử dụng, nội dung công việc, sản phẩm bàn giao và người có thẩm quyền quyết định phương án xử lý. Sự thống nhất này giúp các bên hiểu rõ trách nhiệm, hạn chế tình trạng bỏ sót dữ liệu hoặc cho rằng một bên đã thực hiện công việc thuộc trách nhiệm của bên còn lại.

Doanh nghiệp cũng cần bố trí người chịu trách nhiệm tổng hợp dữ liệu từ các bộ phận bán hàng, kế toán và quản lý nền tảng. Khi phát sinh sai lệch, việc có đầu mối phối hợp giúp rút ngắn thời gian xác minh, hạn chế tình trạng mỗi bộ phận lưu một phiên bản dữ liệu khác nhau.

Tăng cường công cụ hỗ trợ người nộp thuế tự rà soát

Để nâng cao hiệu quả tuân thủ thuế trong kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử, cần có sự phối hợp giữa cơ quan thuế, nền tảng cung cấp dịch vụ và người nộp thuế.

Trước hết, cơ quan thuế có thể tiếp tục hoàn thiện công cụ tra cứu, đối chiếu dữ liệu hóa đơn và dữ liệu khấu trừ của nền tảng với thông tin do người nộp thuế quản lý. Việc hỗ trợ người nộp thuế nhận diện chênh lệch sớm sẽ tạo điều kiện để họ chủ động kiểm tra và xử lý trước khi phát sinh yêu cầu giải trình.

Cùng với đó, cần nghiên cứu cơ chế cảnh báo khi doanh thu lũy kế của hộ kinh doanh tiến gần ngưỡng phải thực hiện nghĩa vụ thuế hoặc khi dữ liệu khấu trừ, hóa đơn và số liệu kê khai có chênh lệch đáng kể. Cảnh báo không thay thế trách nhiệm tự kê khai của người nộp thuế, nhưng có thể giúp họ nhận diện rủi ro và rà soát kịp thời.

Việc ban hành hướng dẫn kèm biểu mẫu về hồ sơ giải trình, trình tự khai bổ sung và cách xử lý các tình huống thường gặp cũng có ý nghĩa thiết thực. Những ví dụ cụ thể về đơn hàng hoàn trả, doanh thu đa kênh, thay đổi chủ thể kinh doanh hoặc sai lệch thời điểm ghi nhận sẽ giúp doanh nghiệp, hộ kinh doanh dễ áp dụng quy định vào thực tế.

Về phía người nộp thuế, giải pháp quan trọng nhất vẫn là thiết lập quy trình kiểm soát nội bộ có thể thực hiện thường xuyên. Dữ liệu gốc cần được lưu giữ, chênh lệch phải được phân loại, tác động đến nghĩa vụ thuế cần được đánh giá và kết quả xử lý phải có tài liệu chứng minh. Việc rà soát định kỳ không chỉ giúp phát hiện sai sót mà còn tạo nền tảng để cải thiện cách quản lý dữ liệu trong những kỳ tiếp theo.

Trong bối cảnh quản lý thuế ngày càng dựa trên dữ liệu, chủ động rà soát và xử lý sai sót là một phần thiết yếu của hoạt động kinh doanh có trách nhiệm. Phát hiện sớm, xác định đúng nguyên nhân, lưu giữ chứng từ đầy đủ và thực hiện điều chỉnh theo quy định sẽ giúp doanh nghiệp, hộ kinh doanh giảm rủi ro, nâng cao khả năng giải trình và duy trì việc tuân thủ pháp luật thuế một cách ổn định.

Đ.Minh